Små vätskeblåsor från bakterier gör det möjligt att undersöka proteiner i sin naturliga miljö. Det är viktigt eftersom struktur och funktion hos många proteiner påverkas av omgivande molekyler. Med vanliga studier av isolerade proteiner går denna information förlorad.

Forskare vid The Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine på Göteborgs universitet har nu utvecklat en ny metod för att undersöka proteiner i sin naturliga miljö.

– Med vår nya metod kan vi nu få en djupare förståelse av bakteriers cellväggsproteiner. Eftersom många av dessa proteiner är inblandade i upptagning och resistens mot antibiotika, har vår forskning stor potential att leda till bättre insikter i dessa mekanismer och förmodligen hjälpa till att utveckla nya antibiotika, säger huvudförfattaren Björn Burmann vid institutionen för kemi och molekylärbiologi, Göteborgs universitet.

Proteiner påverkas av miljön som omger dem

Den tredimensionella strukturen hos proteiner bestämmer deras funktion, och påverkas direkt av den omgivande miljön. I ett naturligt sammanhang är proteiner i cellen ständigt i kontakt med en stor mängd andra molekyler, till exempel salter, kolhydrater, lipider (fettmolekyler) och andra proteiner.

Hittills har forskarna varit tvungna att ta ut proteinerna och isolera dem från deras naturliga miljö för att kunna studera dem med strukturbiologiska verktyg, till exempel kärnmagnetisk resonans (NMR). Under denna reningsprocess avlägsnas viktiga molekyler, som normalt samverkar med proteinerna i den levande cellen.

Men med den nya metoden är det möjligt att få ut proteinet tillsammans med tillräckligt mycket av de omgivande molekylerna så att proteinet kan studeras i sin naturliga omgivning.

Hittat metod att undersöka i naturlig miljö

Forskaren Björn Burmann och kollegan Johannes Thoma använder i sin metod så kallade bakteriella yttre membranvesiklar, OMV, för att kunna undersöka proteiner i sin naturliga miljö.